证书性质不同，没有好坏之分。

1、专业不同

执业药师的人毕业于药学相关专业，主要课程基本都是化学类课程，涉及到诊断和治疗的课程几乎可以说没有，而执业医师的人毕业于医学相关的专业，其所学就复杂很多了，分为不同的小类专业，比如临床医学等。

2、管理部门不同

两者分属不同的部门，执业药师属于食品药品监督管理局管理，而执业医师属于地方卫生行政部门管理。

3、工作单位不同

执业药师主要在药品生产基地、药品科研院所、医院药房、众多的药品零售药房和相关管理机构，在医院药房工作的人员实际上也都是拥有医师证的医务工作人员。执业药师就是在各大医疗机构、医学研究院以及相关管理机构了。

4、证书使用规则不同

两者都是全国统一考试通过后所颁发的执业证书，但是执业药师的证书是全国通用的。而执业医师的证书只能在目前所属的医院使用，更换工作医院就必须更换执业证书，可见政府对医师这一行业的管理与监督是非常严格的。