检察机关与公安机关、司法行政机关之间是权力制约和法律监督关系。公安机关、国家安全机关、军事机关保卫部门、监狱都具有侦查权。其立案侦查权受检察机关法律监督；侦查机关逮捕犯罪嫌疑人要提请检察机关批准，侦查终结要移交检察机关审查起诉。与此相对应，对于检察机关的不批准逮捕、不起诉决定，侦查机关可以提出复议、复核。

公安、检察院、法院都是国家机关，之间没有隶属关系。公安机关是侦察机关，检察院是监督和刑事起诉机关，法院是审判机关。治安案件由公安机关办理。

刑事案件立案以后，先由公安机关侦察，收集证据，如果认为要起诉就把所有案卷资料移送至检察院，如果检察院审核后决定起诉，就会由检察院起诉，由法院审判。这是对于刑事诉讼来说的。

检察院自己对贪污贿赂等国家工作人员犯罪案件有侦察权。可以自己立案侦察起诉，而对于公安机关的侦察工作和法院的审判工作，检察院是监督的作用。对于民事和行政案件，检察院可以通过当事人申诉或法院审判委员会反映向法院抗诉。

公安机关按照法律的规定完成自己的职责及时移交人民检察院，人民检察院在完成自己的职责后及时向人民法院提起公诉，人民法院对该案件进行审判，公安机关执行经人民法院审判需要执行的刑罚。三机关的具体配合还体现在，如逮捕犯罪嫌疑人必须经人民检察院批准或者人民法院决定，由公安机关负责执行。