要判断女朋友怀孕的孩子是不是自己的，可以在怀孕期间做亲子鉴定去了解。可以做无创亲子鉴定，抽取孕妇外周血液中的胎儿DNA进行鉴定，也可以通过羊水穿刺提取羊水，从分离出的脱落细胞获取DNA再进一步判定。这两种方式就可以准确的判断胎儿的父亲是谁。

亲子鉴定是遗传统计学理论在法医学中的一个典型应用。亲子鉴定是基于亲代和子代的遗传标记的基因分型信息（如STR位点），通过统计学中的似然比检验思想，推测争议父与孩子间是否具有亲缘关系的一种方法。常用于亲子鉴定的统计指标为亲权指数和平均非父排除率。在亲子鉴定报告中，一般同时报告这两个指标，以便综合评判检验结果。

进行亲子鉴定的主要原因：随着科技的发展，加上传统的家庭观念的改变，使得现代生物科技水平和需求不谋而合。由于自由化和人们对性别关系的开放，伦理的轻视，人生的生活方式等变化，导致许多夫妻结婚后都担心孩子不是自已的，大部分是丈夫怀疑孩子不是亲生，还有的是怀孕前不止与一个人有过性关系的女性，她们为了搞清孩子的亲生父亲是谁，怀着孕就提出鉴定。