工程款纠纷诉讼时效为三年，特殊情况可以申请适当延长。该诉讼时效自权利人知道或者应当知道权利受到损害之日起计算，自权利受到损害之日超过二十年的人民法院不予保护。

法律依据：《民法典》，第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

合同的有效性问题工程款的取得首先要解决合同的有效性问题，由于目前建筑市场中普遍存在挂靠、借用资质的现象，因此这些都会导致施工合同的无效，贵公司作为施工单位，还有就是是否存在转包、违法分包的情况，这些都会导致合同本身的无效，但是即使存在合同无效，如果建设单位没有提出合同无效的抗辩或者工程质量合格，还是可以参照施工合同取得工程价款。

合同的相对行问题由于目前挂靠、借用资质以及转包情况较多，如果要提出工程款请求，必须和业主存在直接的合同关系或者有有效的授权委托，否则业主有权拒绝付款。