苹果se2搭载的是A13处理器。A13仿生处理器就是苹果公司在2019年发布的A13芯片，采用了第二代7nm工艺，专为高性能和低功耗而量身定制，在性能大幅提升的同时，续航也没有降低。A13处理器拥有2个高性能核心，速度提升20%，功耗降低30%；拥有4个效能核心，速度同样提升20%，功耗降低了40%。A13还有一个8核的神经计算引擎，性能提升了20%，功耗降低15%。

苹果se2除了搭载A13处理器之外，还搭载了iOS13操作系统，提供无缝软件和硬件集成体验；搭载深色模式，适合弱光环境，可设定为在日落、特定时间自动打开，或从"控制中心"手动打开；改进后的照片编辑工具使编辑、调整和一览照片较为快捷；增加保护隐私的登录方式，轻点一下即可登录App和网站。

苹果se2使用了图像信号处理器和A13仿生处理器的神经引擎，包括人像模式，支持六种效果（自然光、摄影室灯光、轮廓光、舞台光、单色舞台光和高调单色光），通过机器学习和单镜头深度测算。iPhoneSE（第二代）还可以通过前置摄像头拍摄出人像照片，智能HDR可对框架中的被摄对象进行补光，从而获得自然的高光和阴影细节的图像。