京东上的自营店、旗舰店、专营店有以下区别：

1、自营店：京东自营店是指由京东自己运营的店铺，商品直接由京东采购、存储、发货和售后服务。自营店的商品通常具有京东严格的品质控制和保障，提供的服务也更加完善。

2、旗舰店：旗舰店是品牌厂商在京东平台上的官方店铺，通常由品牌自己或与京东合作的第三方商家运营。旗舰店拥有较高的品牌授权和自主经营权，能够自主定价、推广和售后服务，同时提供更加全面和深入的品牌展示和体验。

3、专营店：专营店是指在某个特定领域或类别下，经过京东官方认证并获得授权的商家运营的店铺。专营店的商品通常具有较高的专业性和精准性，对于一些特定商品类别和消费者群体来说，可以提供更加专业的产品和服务。

总的来说，自营店具有京东平台的品质保障和严格的服务标准，旗舰店提供更加全面和深入的品牌体验，专营店则注重某个特定领域的专业性和精准性，适合某些特定的消费者需求。

除了以上提到的，以下是自营店、旗舰店和专营店之间的其他区别：

1、商品来源：自营店的商品由京东自己直接采购和销售，旗舰店的商品由品牌或其授权的第三方供应商提供，而专营店则通常是由经过京东官方认证和授权的商家销售自己的产品。

2、售后服务：自营店由京东提供售后服务，而旗舰店和专营店由品牌或商家自行提供售后服务。不同店铺的售后服务可能有所不同，因此在购买商品前应该先了解相关的售后政策。

3、价格和促销：自营店的商品价格相对更加稳定，而旗舰店和专营店的商品价格则可能存在一定的浮动和差异。此外，不同店铺的促销活动和优惠券可能也有所不同。

4、评价和口碑：自营店、旗舰店和专营店的评价和口碑也可能存在一定的差异。自营店在京东平台上的评价通常比较稳定和可信，而旗舰店和专营店的评价则更加受到品牌和商家声誉的影响。

总之，不同类型的店铺在商品品质、售后服务、价格和口碑等方面都存在一定的差异，消费者在购物时应该根据自己的需求和偏好进行选择。