《普罗米修斯2》剧情讲述了一群宇航员乘坐“契约号”飞船驶向银河系远端一颗未被探索的星球，本欲发现美好天堂结果陷入黑暗地狱的危险之旅的故事。

故事发生在一艘名为“契约”的殖民太空船之上，飞船上搭载了两千名进入沉睡的殖民者，他们的目的地是遥远的欧米伽六号行星，希望能够在那里建立新的家园。一场意外的发生令契约号的能量收集帆遭到了破坏，船长布兰森（詹姆斯·弗兰科JamesFranco饰）亦不幸身亡。作为代理船长的欧朗（比利·克鲁德普BillyCrudup饰）带领着惊恐而又悲伤的船员们降落到了一颗未知的神秘星球上。

在这里，他们遇见了仿生人大卫（迈克尔·法斯宾德MichaelFassbender饰），大卫热情的接纳了人类的到来，并讲述了他和已故的肖博士（劳米·拉佩斯NoomiRapace饰）在这里生活的经历。就在大卫渐渐赢得了船员们的信任的同时，大家已经一步一步的走入了前者为他们精心打造的地狱之中。