1、加强饲养管理，坚持自繁自养和全进全出的饲养制度，合理搭配饲料，确保营养全价、均衡，以增强鸭群抗病能力。平时要保持鸭舍内清洁、干燥和通风良好，保证舍内适宜的温度、湿度、密度，尽量减少不良刺激。此外，鸭场内禁养其他动物，做好灭鼠工作，防止外来动物进入鸭舍，以免传播疾病。发生该病后，除隔离、消毒等防疫措施外，应及时治疗，以提高治愈率和防止继发其他疫病。

2、做好药物预防，在每年的春、秋两季疾病高发期，在饲料或饮用水中加入托曲珠利或地克珠利对该病具有很好的预防效果，但抗球虫药易产生耐药性，要注意轮换用药。另外，在饲料或饮用水中添加多种维生素、矿物质和微生态制剂，以增强鸭群的抗病能力。

3、做好消毒措施，平时应及时清除鸭舍内的粪便，由于球虫卵囊对外界环境抵抗力强，能抵抗大多数消毒剂，但对热比较敏感，因此，采取生物发酵方法，利用粪便发酵后产生的生物热可彻底杀死球虫卵囊和病原体。定期使用3%-5%热氢氧化钠溶液对鸭舍、用具进行消毒，保持舍内地面干燥，消毒剂要轮换使用，防止产生耐药性，以达到更好的消毒效果。

鸭球虫的种类较多，分属于艾美耳科的艾美耳属、泰泽属、温扬属和等孢属，多寄生于肠道，少数艾美耳属球虫寄生于肾脏。据报道，鸭球虫中以毁灭泰泽球虫致病力最强，爆发性鸭球虫病多由毁灭泰泽球虫和菲莱氏温扬球虫混合感染所致，后者的致病力较弱。