副主任科员职务层次为非领导职务的副科级干部，而“副科级干部”则包括副科级职务层次的非领导职务干部和领导职务的干部两类。新《公务员法》实行之前，晋升为副主任科员的途径有两种：一是按规定直接晋升，机关单位规定有不超过二分之一的“非领导职务”，且职务不能超过单位级别。如果是县级机关单位，非领导职务可以是主任科员也可以是副主任科员，但不能直接任命处级领导干部或调研员。还有一种途径是2015年推行的“县级以下公务员职务与职级并行”制度，任职满12年的科员，只要级别达到23级就可以享受“副主任”科员的待遇。这种晋升制度只是体现在薪资待遇上，和职务的晋升没有任何关系。通过这种“并行”晋升上去的人，退休时仍按晋升前的职级退休。

2018年12月29日，全国人大常委会审议通过了《中华人民共和国公务员法（修订草案）》，新《公务员法》发布后，“非领导职务”不再沿用，取而代之的是一至四级主任科员。无论是通过哪种途径晋升的副主任科员，一律被套改为四级主任科员，按任职年限进行晋升，最高可晋升为二级主任科员，享正科级待遇。虽然副科级实职干部不参与套改工作，但晋升上和副主任科员没什么区别，也是按任职年限从四级主任科员起算。副主任科员和副科实职也算任职年限。