1、原料区别：普通菜籽油中都是含有芥酸这种成分的，含量一般在20%到60%，而低芥酸菜籽油以低芥酸菜籽为原料，其芥酸含量不超过3%，含量远低于普通菜籽油。

2、油酸含量区别：低芥酸菜籽油的油酸含量一般在50%-66%左右，而一般菜籽油的油酸含量仅有10%-35%。

3、香味区别：低芥酸菜籽油的香味一般比较香浓，菜籽香气浓郁突出，持久，而一般菜籽油的香味则比较寡淡、不持久。

4、口感区别：低芥酸菜籽油烹饪的菜品一般香浓可口，除了能突出菜品原味以外还能很好的增加香味，增强食欲，而一般菜籽油烹饪的菜品虽然也鲜香好吃，但香味不如低芥酸菜籽油香浓。

5、颜色不同：普通菜籽油的颜色比较深，大多是深黄色或是褐色，而低芥酸菜籽油颜色淡一些，为浅黄色。

6、价格不同：低芥酸菜籽油制作工序比较繁琐，需要脱去游离脂肪酸等，成本比较高，它的价格也会比普通菜籽油稍高一些。