蛋白棉不可以长期放在过滤。因很容易吸附杂物堵塞。蛋白棉在化学上代号为D301的树脂。这是一种弱碱性阴离子交换树脂，在水中离解出弱碱性的OH-离子根，可以起到吸附作用，因此，一直以来都被广泛应用在污水处理工序上。蛋白棉不建议放在网眼细小的进水口、前置桶等地方，否则很容易因吸附杂物堵塞水流畅通，特别是用在过滤筒里，毕竟不能直观看到，更换起来也比较麻烦。

蛋白棉用于水族的净水通常是处理鱼缸的黄水，这是利用其吸附作用，也是一种交换反应。蛋白棉里的离子通过交换水中固体离子，同时释放一个等价弱碱性OH离子出来。当然，同时也能吸附水中杂散离子，从而达到净化水的目的。

蛋白棉具有很强的吸附性，短时间效果很明显，但是要注意的是，长时间的使用会因为过于饱和而堵水，因此在鱼缸水便清澈后，就需要把蛋白棉拿出来，清洗一下，还可以反复使用。

蛋白棉的价格和过滤棉相比较高。但是短期见效的效果比过滤棉要快很多，还可以吸附重金属离子和药物的残留。几乎是过滤棉和活性炭加起来的功能。但是无一例外，完美的东西总会有个缺陷。蛋白棉它一旦吸附的物质呈现饱和状态，它就会释放吸附的离子，因此蛋白棉一旦吸附饱和就要赶快拿出来。而且从水质的方面来说，过滤棉并不会影响水质，而蛋白棉却能多多少少能影响水质的酸碱度，导致水质动荡。