盐城自然保护区主要保护丹顶鹤等珍稀野生动物及其赖以生存的栖息地，即滩涂湿地生态系统。盐城国家级自然保护区位于江苏省盐城市，地处我国东部沿海中部，保护区面对南黄海，背靠苏北平原，是淤泥质平原海岸的典型代表。

盐城保护区内滩涂主要是黄河夺淮期间大量倾注入海的泥沙、长江等河流下泻的泥沙，以及海底的部分泥沙，在潮流等海洋动力作用下淤积而成的广阔的粉沙淤泥质滨海平原。滩涂北窄南宽呈带状分布，宽处可达15km。

保护区内水源主要为陆地水和海洋水，陆地水pH值大于7.0，矿化度较高，海洋水主要受潮汐与风暴作用，经常漫满全区堤外滩涂。保护区为里下河主要集水区，有灌河、中山河、扁担港、射阳河、黄沙港、新洋港、斗龙港、王港、竹港、川东港、梁垛河、新港等10余条河流横穿区内入海，入海水量约占全省入海水量的90%。

截至2012年，保护区有植物450种，鸟类有402种，两栖爬行类26种，鱼类284种，哺乳类31种。其中国家重点保护的一级野生动物有丹顶鹤、白头鹤、白鹤、东方白鹳、黑鹳、中华秋沙鸭、遗鸥、大鸨、白肩雕、金雕、白尾海雕、麋鹿、中华鲟、白鲟共14种，二级国家重点保护野生动物有85种，如獐、黑脸琵鹭、大天鹅、小青脚鹬、鸳鸯、灰鹤等。