目前常用的有机荧光染料标记物是荧光素类以及罗丹明类染料。

常用的有机荧光染料标记物是荧光素类以及罗丹明类染料。荧光素类标记物的荧光量子产率高，有较好的光稳定性和低的温度系数，但其荧光发射在血清背景荧光之内，并且斯托克斯位移较小，对样品的散射光敏感。

和荧光素相比，罗丹明类标记物的荧光产率较小，但其发射波长较长，样品背景干扰较小。荧光素类和罗丹明类标记物可作为荧光共振能量转移的供、受体用于荧光免疫分析。近年来有报道将荧光素氟化，借以提高染料的荧光量子产率。一些氟化荧光素染料的荧光量子产率可以达到0.85~0.97.有关荧光素和罗丹明荧光标记物已有多篇综述。近年来有多篇文献报道各种新型修饰荧光素类以及罗丹明类染料，荧光量子产率均有提高，荧光发射波长甚至可以达到近红外范围，有望用于免疫分析。

荧光染料是指吸收某一波长的光波后能发射出另一波长大于吸收光的光波的物质。它们大多是含有苯环或杂环并带有共轭双键的化合物。荧光染料可以单独使用，也可以组合成复合荧光染料使用。