大三巴牌坊以前是教堂，大三巴以前是圣保禄神学院”的大门，这是这面墙壁最早的身份。圣保禄学院是澳门当时第一所正式的大学，也是中国历史上乃至整个远东地区第一所西式教育的大学，当时学院主要招收欧洲耶稣会会士和其他的中日修生，在澳门实施西方教育的同时，圣保禄学院对来东方的各种传教士进行东方文化的培训。

也正是这所学院的功劳，在这里毕业的会士，将中国各种传统文化进行翻译以后带回欧洲，并在欧洲各国广泛传播，以致一段时间在欧洲各国之间掀起了研究中国汉学的各种热潮，在此同时，西方国家的各种科学文化技术也通过学院的渠道传入中国，并与中国传统文化进行了碰撞，真正的做到了中西结合疗效好。

大三巴牌坊前临68级石阶，前壁遗址为23米宽，25.5米高，为巴洛克风格，以花岗岩建成，上下共分五层，上有内容丰富的石刻图案和青铜塑像。从牌坊顶部逐层而下，先是一个高高在上的十字架，其下再分三层，每层的壁龛均藏有一铜像，是澳门早年的制炮工厂出品。

在牌坊后面的墓室里，存放着十七世纪一些日本及越南殉教者的骸骨。墓室旁边是天主教艺术博物馆，其展品有宗教画、雕刻和礼仪装饰品等，都是从澳门所有的教堂和修道院的藏品中精选出来的。其中的宗教画作具有欣赏和历史价值。